自律型AIエージェントはmakeなどのノーコードツールとはどう違いますか？

やっていることとしてはかなり近いです。
makeのフローにおいて、LLMを利用した条件分岐や情報抽出などを利用することで、実質的に自律型AIを構築することも可能です。

ただ、通信によるレイテンシが高くなるため、あまりお勧めはしません。